Instituída oficialmente em 13 de junho de 1975, a Embrapa Mandioca e Fruticultura é a única das 43 Unidades Descentralizadas da Embrapa no estado da Bahia. Surgiu a partir do Instituto Agronômico do Leste (IAL), construído na década de 1950, depois denominado Instituto de Pesquisa e Experimentação Agropecuária do Leste (Ipeal), cuja missão era desenvolver tecnologias para a agricultura regional. Destacava-se, na época, o trabalho com citros.

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